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Paraty wurde 1667 um die Kirche von Nossa Senhora dos Remédios, ihrem Schutzpatron, gegründet. Es hatte eine große wirtschaftliche Bedeutung, da die Zuckerrohrmühlen (es hatte mehr als 250) als Synonym für guten Brandy angesehen wurden.
Im 18. Jahrhundert war es ein wichtiger Hafen, von dem Gold und Edelsteine aus Minas Gerais nach Portugal verschifft wurden. Der Bau einer neuen Straße ( Estrada Real ), die direkt nach Rio de Janeiro führte, führte die Stadt jedoch zu einer großen wirtschaftlichen Isolation.
Nach der Eröffnung der Verbindung Paraty-Cunha und vor allem nach dem Bau der Strasse Rio-Santos in den 70er Jahren wurde Paraty aufgrund seines noch guten Erhaltungszustands aus der Kolonialzeit und seiner natürlichen Schönheit zu einem nationalen und internationalen Tourismuszentrum .
In seiner Umgebung befinden sich der Nationalpark Serra da Bocaina, das Naturschutzgebiet Cairuçú, in dem sich Vila da Trindade befindet, das Naturschutzgebiet Joatinga sowie die Grenze zum Nationalpark Serra do Mar mit dem atlantischen Wald.
Seit 2019 ist Paraty als Weltkulturerbe anerkannt